今を去ること約四百年近く前、当時の中央主権者であった秀吉は突如として禁教令を出し、キリスト教を弾圧した。
彼の命によって聖フランシスコ吉を含む26名のキリシタン達が、長崎の西坂丘で主キリストのごとく十字架にかけられて生命を主キリストにお捧げする 我が国最初の尊い殉教事件が発生したのである。

この26名は教皇ピオ9世聖下によって彼らの偉大な行跡を調査されて、これを確かめ1862年にカトリック教会の聖人の位にあげられた。

秀吉の命による正式の死刑宣告を受けた者は最初２４名であったが、長崎での殉教者は26名となった。
24名が京都から長崎へ連行される途中に聖フランシスコ吉が現在の甲子園地区で捕縛され、また聖ペトロ助次郎が西宮で加わったからである。

当教会の誕生に深く関わり、今は天国におられる故木村夢庵先生が若かりし24才の時関西学院の神学生であったが、キリシタン研究のために長崎地方を旅行されたことがあり、 その際、大浦天主堂の聖母マリア像の前でお祈りをされた。
　その時、手にされていたビリヨン神父著の ｢鮮血遺書｣ を "開いて見よ" というお告げを受けられた。
そこで目についた箇所は、聖フランシスコ吉がこの甲子園の地で捕縛されて殉教者の列に加えられた様子であった。

そこで先生はこの聖人にゆかりの現在地をこよなく愛され、 記念に聖フランシスコ吉に捧げる教会を建てたいという情熱と願望とを、その時から抱きつづけて来られた。
　昭和28年にバプテスト教会を建てたが、プロテスタンチズムでは飽き足らず、 カトリック教会こそが本当の安心立命を得られるキリストが建てられた教会であることの真理を悟られた。
　昭和38年に大阪教区田口芳五郎大司教に申し出て、カトリックに改宗し、教会建物とご自分の土地とをカトリックに奉献された。
このようないきさつを経過して私達の甲子園カトリック教会が創立されているのである。

聖フランシスコ吉についての史実は次の通りである。
彼は伊勢の出身で、京都のフランシスコ会修道院の近くに住む大工であった。
迫害のあった9か月前にスペイン人でフランシスコ会の指導者であったバプチスタ神父から 洗礼を受けたばかりであった。
彼は武士のような気質の持ち主で、秀吉の逮捕者名簿に自分の名が記載されていなかったのを残念に思い、洗礼を授けてくれたバプチスタ神父と共に殉教の列に加わろうと決心した。
24名が投獄されていた京都の獄舎を酒徳利を携えて訪ね、牢番に自分もこの酒と引き換えに殉教者の一行に加えられたいと懇願した。
しかしこの願いは聞き入れられなかった。

殉教者達は左耳をそぎ落とされ、キリシタンの見せしめとして京都市内を牛車8台で、1台に3名ずつ乗せられて引き回されたが、その時彼はその車に飛び乗ろうとしてはその度に捕吏達に引きずり降ろされた。
一行は京都から大阪･堺の町へと同じように引き回された。
堺は当時南蛮貿易で栄えており、キリシタンが多かったから、秀吉は特にこの町を選んだのだった。

　｢鮮血遺書｣ によると、一行が長崎巡行の途中に尼崎の西方約8キロの枝川の堤に到着した。
今の旧国道沿いの西岸の橋のたもとに榎の大木があり、その下に茶店があった。
正午頃だったので、護衛の役人が従者に命じてこの茶店で囚人２４名を休ませた。
そこから出発しようとした時に、30才位の男が身に紺色の木綿の綿入れをまとい脚絆を付け、 息せき切って馳せつけて来た。
そしてバプチスタ神父の足元に鎚って泣いていた。
役人がこれを見て、汝は何者ぞ、切支丹であるならば不日死刑に処せられる、汝いま志を改め、早く邪教を棄てよ、疾くこの地を去れ、と。
彼は首を上げ、むしろ自分は死刑に処せられることを望む、どうかこの群れに加えて長崎まで連行し給われ、と一歩も動かなかった。
役人は激怒してこやつを捕縛せよと高手小手に縛った。
　彼は大いに喜び、バプチスタ神父に向かって、天主の恩寵により私も殉教者の一人たることを得ました。
自分は京都に住む大工で、9か月前に洗礼を受けた後、 フランシスコという堅信の霊名を授かって、その後も信仰怠らず、 殉教の志望を果たさんものと今日までこの列の跡を慕い来た甲斐があって、 このように捕縛され、誉を後世に残すことを得ました。
この恩寵を神に感謝します。
他日天国へ参りましたならば、バプチスタ神父よ、どうかよろしく取り計らい給え、と心地よげに語った。
さすがの役人も心に深く感ずるところがあって、事の次第を書面にしたためて秀吉に知らせ、 ここに正式に殉教者の列に加えられたのである。

　彼は長崎の処刑場で東一番の十字架にかかって、主と聖母マリアのみ名を唱えながら、 刑吏の鈍い槍の穂先で両脇腹を突き刺され、鮮血を噴き出して壮烈なる殉教を遂げたのであった。

　当教会玄関入り口の上に故木村夢庵先生が信仰の遺産の一つとして残された聖フランシスコ吉のレリーフがある。
甲子園教会は木村先生の聖フランシスコ吉に対する燃えるがごとき情熱に基づく信仰によって バプテスト教会をカトリックに奉献されて誕生を見た我が国ではまことにめずらしい特殊な教会である。

　以上述べた創立事情に基づいて、当時の大阪教区田口芳五郎大司教は聖フランシスコ吉を特に甲子園教会の守護の聖人として仰ぐようにと教えられた。
また安田大司教は毎年2月5日を、聖フランシスコ吉の ｢守護の聖人の日｣ として守ることを甲子園教会に命じられている。